游戏的形式与《植物大战僵尸》大致相同，都是要在方阵中摆放单位来抵御敌人的进攻。有一点不同的是，玩家并不需要手动收集类似于阳光的资源，在《小小忍者》中，被称为“禅师币”金钱是随着游戏时间的进行而自然增长的。每个兵种也有各自独立的冷却时间，但是大致的摆放策略还是与《植物大战僵尸》相同的，在最后面一排摆上最基本的进攻单位，在游戏初期是最稳妥的选择。

打坐系统是本作中比较有特色的一个设定，所有忍者和武僧单位都可以选择打坐来快速增加禅师币，代价就是在打坐期间牺牲攻击能力。每有1个单位打坐就需要耗费右上角太极标志旁的1颗蓝色禅师石，最多可以有5个战斗单位同时打坐。禅师石在消耗之后会随着玩家击败敌人的进度而缓慢恢复，但速度远远跟不上我们对禅师币的需求，所以在战斗的时候有计划地购买单位还是很有必要的。

游戏中代替坚果墙出现的是一头蜷缩在篱笆背后的小猪，作为防御单位的代表，在敌人已经逼近的时候能够派上很大用场。在受到攻击的时候，小猪会显示自己的血槽，这点比《植物大战僵尸》中的坚果一点点破碎来得更加直观一些，有助于玩家及时补充防御阵型。当然，在一波波机器人汹涌来袭的战场上，进攻才是最好的防守，多摆放一些攻击单位把敌人的阵线压在前方才是最佳的选择。

击倒敌人后，有的时候会随机掉落机械零件，这个是需要玩家手动拾取的。机械零件可以用来补充右上方的蓝色长条，长条被充满之后系统会随机赠送一个可以摆放的单位兵种给玩家，这个是不用耗费任何禅师币的。使用单位的时候只需要点击方框中出现的单位图标，然后选择地点进行摆放就可以了。机械零件掉落之后过一段时间会消失掉，所以战斗正酣的时候也不要忘记抽出时间来收集战利品。

橙色武僧是辅助单位，他的作用是发射蓝色的气功波，用来短时间降低单个敌人的移动速度。在敌人数量较多的时候尤其好用，在攻击部队的前面摆上一排可以有效地帮助我方控制局势。火器大师的攻击方式是放出一枚颇具东方风格的火箭弹，他的攻击是具有穿透属性的，如果敌人之间的距离足够近的话，可以一发命中多个目标。