天天酷跑3D只要解锁了相应的剧情关卡数，就可以进入秘境模式。目前剧情秘境模式有三个模式，分别是淘金秘境、暗黑遗迹、巨龙魔窟。每个模式都有大量的奖励，对应的分别是海量金币、宠物材料和宝物材料。三者的奖励不同，难易度也不尽相同。

淘金秘境：简单 剧情模式10关就可以解锁，这个关Boss就是暴力金刚。这关boss是无法击杀的，伤害boss会获得金币，在淘金秘境模式中，玩家并不是选择能量高的搭配就能获得多的金币，相反，搭配金币型组合，虽然最后距离并没有能量型配置远，但是金币结算多出能量型三分之一左右，大家可以自己比较高能量的疾风少年和金币型刀锋宝贝，可以发现后者金币结算高出前者很多。这关拾取紫色炸弹对金刚产生伤害即可，一般来说炸弹还是很容易拾取的，但有些并排炸弹不能全部拾取，玩家要懂得放弃，最优化拾取炸弹，一次最多可以拾取3个炸弹。另外还有个boss攻击——激光。躲避激光技巧需要从释放激光开始，依次变化道路，下蹲或跳跃就可以躲避激光。最后就是躲避石块，不管是大石块还是小石块，都能很容易躲过。

暗黑遗迹：较难 剧情模式20关解锁，boss是阿努比斯。这关的难度才符合一个boss的水平，所谓付出与收益是等同的。这关的难度就是跳方块，跳不过去会损耗能量，跳过去了捡取不了炸弹不会对boss造成有效伤害。另一个对玩家造成伤害的就是飓风，躲避飓风不要慌张，也不要过于大意，否则下一波飓风就会让你付出代价。最后的boss攻击是权力法杖，横面攻击比较容易躲避，竖面攻击也容易，但是两面一起攻击的话，难度就提供很多，尤其是连波攻击时，竖面攻击很难多。这就需要我们对地图熟悉，预判攻击波的轨迹还是能获得较好成绩。

巨龙魔窟：困难 剧情模式38关解锁，boss是熔岩巨龙。这关奖励还是很丰厚，有很多宝物材料，我们要做的就是保留小命，不断奔跑，获得更多的宝箱。这关难度有石柱障碍，岩浆和boss火球。石柱是里面最简单障碍，毕竟石柱是固定不动的，玩家要做的就是熟悉地图，喷涌的岩浆难度比较大，毫无征兆喷出的岩浆，一不留神就损耗能量，而且喷出规律很难掌握，玩家没有快速反应能力，岩浆是个噩梦。巨龙攻击火球是这关的难点，相比较岩浆的无规律性，boss连续性从左右来回喷吐火球，玩家只能在火球间隙穿越，这个穿越时机把握不好的话，就只能看着能量“哗哗”的损耗。