游戏采用ATB回合制战斗系统，即在传统基础的回合战斗模式进行了升级，融入了“时间”概念即角色下方会出现ATB量表，俗称“时间槽”。时间槽的积累速度会因角色能力值而改变，对决双方需在时间槽蓄满之前迅速完成操作，这种加入时间槽要素的即时系统可使单一的回合制战斗变得更加紧张刺激。

为了适应智能手机，战斗系统也简化了不少，玩家只需通过“攻击”、“防御”、“白黑魔法和召唤魔法”、“必杀技”四个不同的按键就能完成战斗的操作。

在游戏中，只要赢得特定战斗的胜利，就能入手角色，让其成为同伴并加入到以后的战斗当中。当然，玩家可以培育自己喜欢的角色，除了提升角色本身的实力之外，还可以为其打造更强大的武器和装备。

此外，在《最终幻想：记录保持者》的Boss战中，Boss的特性会与原作中的一模一样，可以让玩家回忆到经典的场面。