四、限定宝可梦

两个版本都拥有限定的宝可梦精灵，比如幼年基拉斯和巨石丁只会出现在宝可梦朱中，而幼年宝贝龙和冰砌鹅则是宝可梦紫的专属宝可梦精灵。当然玩家要是只玩一个版本，想要收集全部宝可梦精灵的话，还是可以通过版本通信交换来实现的。

五、BOSS不一样

从游戏的海报上就能看到宝可梦朱和宝可梦紫的BOSS在颜色、形体都是完全不同的，进而猜测它们的技能也有区别，或许难度也会有一定差距。

六、道馆顺序不一样

道馆是该游戏非常重要的场景，在道馆的设定顺序上两个版本也有差异。