《撸塔传奇》目前有70章副本，通关副本可解锁下一章副本。

副本战斗中玩家可任意移动英雄，进行不同的塔防站位，改变怪物进攻路线，在运动中消灭敌人，获得胜利，英雄可在战斗开始前预先设置或是战斗时灵活调整位置。满星通关副本会获得星星奖励，每收集15颗星就可以兑换副本成就奖励，有钻有装备，还有高级英雄!在副本中进行战斗，可以进行暂停，方便玩家对整个战场卡牌进行重新排列站位，最终获得胜利。副本还提供最优站位选择作为参考，如果你不想考虑太久，在战斗之前使用此功能可以大幅度提升副本通关概率。已经通过的副本可以进行扫荡，快速通过，获得奖励。

每次解锁新章节会有不同的随机副本开启。通过副本之后将会有“路边宝箱”出现，消耗体力可以直接开启，随机获得奖励。越高级的副本路边道具掉落的东西越好。

每章副本中会有一场遭遇战，遭遇战难度较高，需要玩家拥有一定实力和策略部署才能通关。遭遇战通过英雄(PS：玩家之间)的面对面战斗进行。每次副本战斗时都会随机触发随机事件——争分夺秒，如果能在限定时间内完美通关胜利后可更多的副本掉落奖励。